慢性便秘的诊断中，应注意与功能性便秘(Fc)和盆底排便障碍、功能性便秘和肠易激综合征(IBs)，以及先天性巨结肠和结肠假性肠梗阻进行鉴别。
(1)盆底功能障碍 除了要符合罗马Ⅲ的功能性便秘的诊断标准外，还需具备盆底障碍的客观依据，即：有肛门直肠测压、肌电图或x线检查的证据，表明在反复作排便动作时，盆底肌群不合适的收缩或不能放松；用力排便时直肠能出现足够的推进性收缩；有粪便排出不畅的证据。
(2)便秘型肠易激综合征 和功能性便秘一样，均属于功能性肠病，x线钡剂灌肠或结肠镜检查均不显示有病变，也无系统性疾病的证据，罗马Ⅲ对FC和IBS均有详细的诊断标准。所不同的是IBS患者有腹痛和(或i腹胀，且和异常的排便(便秘或腹泻)有关。IBS的兰型有便秘型(C—ms)、腹泻型(D—mS)以及交替型(A—IBS)。其中，C—IBS的罗马Ⅲ诊断标准强调了患者
有便次减少、粪便变硬和排便困难等。
(3)先天性巨结肠和结肠假性梗阻 两者均为动力障碍疾病，临床大多为慢性便秘症状，肛指检查时可诱发排气与排出糊状粪便。但前者是由于远端结肠病变肠段肌间神经丛缺乏神经节细胞，使结肠的正常蠕动和肛门内括约肌对直肠扩张的反射性松弛消失，钡剂灌肠可显示病变肠段呈不规则狭窄，与正常肠段有一过度区．呈圆锥形，而近端结肠扩张。直肠肛门测压显示直肠内压高于正常，伴波频增加，肛管上部频率降低，波幅增宽。用气囊扩张直肠后缺乏肛门直肠抑制反射。而结肠假性梗阻属肠道肌肉神经疾病，又称Ogilvie综合征，表现为严重便秘、腹胀和腹膨隆、结肠普遍扩张，但不存在机械性梗阻。结肠假性梗阻可继发于糖尿病、硬皮病、腹部手术后等 。